Né à Rennes en 1960, Simon Goubert commence l'étude du piano dès l'âge de trois ans. Il découvre la batterie à l'occasion de la venue dans sa ville natale de Kenny Clarke le 4 février 1970. Il aborde les percussions d'abord au conservatoire de Rennes, puis à partir de 1976, avec Sylvio Gualda au conservatoire de Versailles, où il étudie l'harmonie. Il fait ses premières armes comme percussionniste avec l'Ensemble Polyphonique de l'ORTF dirigé par Charles Ravier.
Mais surtout, il passe ses nuits dans les clubs de Jazz, notamment au Riverbop où il fait le bœuf quotidiennement grâce à la bienveillance des grands batteurs habitués des lieux : Aldo Romano, George Brown, Jacques Thollot, Bernard Lubat, Oliver Johnson, et Christian Vander.
En 1981, après avoir joué pendant deux ans dans le quartet du guitariste Philippe Petit, Simon Goubert fonde le groupe "Spiral", qui joue dans la plus pure tradition coltranienne. Parallèlement, à partir de 1982 et jusqu'en 1987, il se produit mais aux claviers, dans le groupe Offering de Christian Vander, qu'il retrouve de 1992 à 1997 au sein des Voix de Magma puis de Magma.
Entre 1992 et 1998, on le retrouve régulièrement dans des formations dirigées par Joachim Kühn, en trio ou en quartet, en compagnie de Jean-François Jenny-Clark, Michel Benita, Dominique Pifarély, Louis Sclavis ou Christof Lauer.
Depuis, outre l'enregistrement de près de 90 albums - dont 9 sous son nom -, il est appelé à jouer entre autres avec: Steve Grossman, Sonny Fortune, René Urtreger, Éric Barret, Alain Jean-Marie, Christian Escoudé, Jacques Vidal, Jacky Terrasson, Bireli Lagrène, Michèle Hendricks, Riccardo Del Fra, Philip Catherine, Siegfried Kessler, Dave Liebman, Eric Le Lann, Jean-François Jenny- Clark, Patrick Molard, Kim Parker, Steve Potts, Babik Reinhardt, David Patrois, Mal Waldron, Laurent De Wilde, Didier Levallet, Michel Edelin, George Mraz, Andy Emler, Eddie Henderson, Gordon Beck, François Jeanneau, John Hicks, Manuel Rocheman, James Carter, Eric Watson, Gary Brunton, Louis Sclavis, Lee Konitz, Martial Solal, Chuk Israëls, Joëlle Léandre, François Corneloup, Tony Hymas...
Pour ce qui est de ses principales formations, de 1987 à 1997, il se produit en trio avec Michel Graillier et Alby Cullaz et en 1994, il fonde avec Christian Vander, le groupe “Welcome". En 2004, c'est au tour de "Soft Bounds" en collaboration avec Sophia Domancich, Hugh Hopper et Elton Dean. Pendant cette même année se créent le duo qu!il forme avec S.Domancich ainsi que le trio "DAG", avec la pianiste et le contrebassiste Jean- Jacques Avenel. On l'a retrouvé également dans un spectacle musical conçu par E.Bex et David Lescot, "La chose Commune” ou au sein du trio de Franck Tortiller.
De 2001 à 2012, avec Emmanuel Bex et Glenn Ferris, S.Goubert forme également le trio BFG, qui remporte les récompenses les plus prestigieuses (Victoires du jazz et Grand Prix du Disque de l'Académie Charles Cros 2001), tout en menant un quartet devenu mythique avec Boris Blanchet, Michel Zenino, et toujours S.Domancich.
Depuis 2009, c'est avec le koriste Ablaye Cissoko qu'il dirige "African Jazz Roots" (avec S.Domancich et Jean-Philippe Viret et Ibou Ndir). Leur troisième album, “Seetu” a été élu “coup de cœur” de l'Académie Charles Cros 2023.
Mis à part son solo “Le matin des ombres” (sorti en 2022) et le duo formé avec S.Domancich (dont le deuxième album "Twofold head” est paru en 2021), Simon se produit avec le quintet "Puzzle” dirigé par Hélène Labarrière, et le quartet de Matthieu Donarier. Il se produit à nouveau dans les salles les plus prestigieuses de la planète avec le groupe Magma depuis 2020 (toujours en tant que pianiste).
Enfin, il compose régulièrement pour la scène (danse, spectacles) ou pour la radio (émissions poétiques ou dramatiques produites par France Culture) et participe à la direction artistique du label PeeWee!.
Simon Goubert a été le premier batteur à recevoir le Prix Django Reinhardt de l'Académie du Jazz en 1996, et a obtenu le Grand Prix du Disque de l'Académie Charles Cros 2020 pour son album, "nous verrons...".